ストーリーメモ

下はアニメのストーリーなので、ゲームでは微妙に違うかもしれません。

前作イナズマジャパンを率いて優勝した円堂守の活躍から10年後の世界。円堂守は、今ではサッカー名門校となった雷門中の監督になっていた。
しかし、サッカー界は闇の組織フィフスセクターに牛耳られている。フィフスセクターは全国のサッカー部にシード(フィフスセクターに忠誠を誓うエリート選手)と教師を送って支配を強めていた。サッカー部はフィフスセクターの指示に逆らえず、2年前からは試合の勝敗さえ予めフィフスセクターに支配されていた。中学サッカー界には覇気が無くなってしまう。
そんな時代背景の中、イナズマイレブンGOの主人公、松風天馬が雷門中に入学。しかし入学前早々、フィフスセクターから送り込まれたシード、剣城京介にサッカー部二軍がボロボロにされてしまった。
雷門サッカー部一軍のキャプテン神童拓人は、剣城京介率いる黒の騎士団と試合で決着をつけることになる。チームの実力は黒の騎士団が上だったが、神童拓人が剣城の技のような化身を繰り出した。監督・黒木善三の指示で黒の騎士団は一旦引き上げる。
黒の騎士団とフィフスセクターを恐れた雷門サッカー部二軍は全員が退部してしまう。神童は退部していく部員たちを止めず、今までの礼すら言ったが、本当は自分が一軍キャプテンとしてサッカー部をまとめる責任を果たせなかったことを悔いていた。そんな中、フィフスセクターからの指示で剣城京介が雷門サッカー部に入部。雷門サッカー部を内部から潰すのが目的だ。
松風天馬はサッカー部の入部テストを受け、西園信助と共に見事合格。テスト中のパフォーマンスは悪く、神童拓人は久遠監督が天馬に入部許可を出したのを不満に思う。しかし久遠監督は天馬の才能をすでに見抜いていた。
雷門中は栄都学園と試合をすることになった。勝てると分かっているような試合だが、フィフスセクターから「３‐０で試合に負けよ」との指示が下る。指示は校長から久遠監督へと伝わり、久遠監督はいつも通りサッカー部のメンバーにそのことを告げた。悔しそうなメンバー達だったが、その場に居なかった天馬はフィフスセクターの指示を知らずに試合にやる気満々。
栄都学園との試合が始まり、練習時に見た先輩達の鮮やかなプレーがないことに天馬は異変に気づく。そのまま前半が終了し、なぜ本気で戦わないのかと先輩を責める天馬に音無春奈が勝敗は予め管理されていることを告げる。この試合は初めから雷門中が3-0で負けるとフィフスセクターに決められていると。
それを知った天馬はショックのため後半試合で棒立ちになってしまう。試合は進み、点差が3-0まで広げられたが、天馬は管理試合はおかしいという結論に自ら辿りついた。栄都学園の選手から猛烈にボールを奪い、神童にパスを出し続ける天馬。得点を取ってはいけないこの試合に神童はパスを無視し続けるが、天馬のラストパスのボールから「サッカーに向き合え」というメッセージを感じ、神童はロングシュートで１点を決めて試合終了。
フィフスセクターの管理を守らなかったことを利用し、雷門中校長は以前から快く思っていなかった久遠監督を解任する。サッカー部のメンバーが意気消沈している中、新監督の円堂守を迎える。